Nahdlatul Ulama (NU).

Pada saat itu ada gagasan cemerlang dari Dawam Rahardjo dan LP3ES untuk melakukan riset advokasi pengembangan pesantren. Gus Dur ada di dalamnya, ikut terlibat meskipun pada akhirnya berbeda pendapat dan berpisah. Sama-sama menjadi peneliti di LP3ES.

Kiai Marsudi menekankan bahwa pelaksanaan hak menyampaikan kritik harus dilandasi prinsip tawashau bil haq wa tawashau bis shabr.