Ia meninggal dunia pada Sabtu 22 Juli 2017 sekitar jam 19.10 di RSU PKU Muhammadiyah Yogyakarta.

Jokowi bakal ditemani Menteri Pendidikan dan Kebudayaan (Mendikbud) Muhadjir Effendy, Ketua Umum PP Muhammadiyah Haedar Nashir. 

Anies mengaku membicarakan banyak hal dengan pimpinan Muhammadiyah dalam pertemuan itu.

 "Pengetahuan yang dimiliki Muhammadiyah nanti membantu merumuskan solusi untuk Jakarta"

Sejak kemarin gubernur terpilih DKI, Anies Baswedan, melakukan kunjungan ke Yogyakarta dan bertemu sejumlah tokoh hingga warga.

Muhammadiyah Kota Medan, Sumatera Utara mendukung penuh upaya aparatur pemerintah dalam pemberantasan aksi terorisme.